APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

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AndreNeustadt
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APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von AndreNeustadt » 29.07.2018 17:01:37

Hallo *,

ich wollte heute mein Debian Server (virtuelle Maschine) auf den aktuellsten Stand bringen. Wie immer benutze ich dafür die beiden Befehle "apt-get update und apt-get upgrade".
Leider kam es heute bei dem "Upgrade" zu einem Fehler welchen ich nicht beheben kann.

Kann mir weiter helfen=?

Code: Alles auswählen

apt-get upgrade
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut.
Statusinformationen werden eingelesen.... Fertig
Paketaktualisierung (Upgrade) wird berechnet... Die folgenden Pakete wurden automatisch installiert und werden nicht mehr benötigt:
  libuuid-perl linux-image-3.16.0-4-amd64 rlwrap
Verwenden Sie »apt-get autoremove«, um sie zu entfernen.
Fertig
Die folgenden Pakete werden aktualisiert (Upgrade):
  busybox libidn11 libssl1.0.0 linux-base openssl
5 aktualisiert, 0 neu installiert, 0 zu entfernen und 0 nicht aktualisiert.
Es müssen 2.258 kB an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 101 kB Plattenplatz zusätzlich benutzt.
Möchten Sie fortfahren? [J/n] j
Holen: 1 http://security.debian.org/ jessie/updates/main libssl1.0.0 amd64 1.0.1t-1+deb8u9 [1.045 kB]
Holen: 2 http://security.debian.org/ jessie/updates/main libidn11 amd64 1.29-1+deb8u3 [137 kB]
Holen: 3 http://security.debian.org/ jessie/updates/main busybox amd64 1:1.22.0-9+deb8u2 [392 kB]
Holen: 4 http://security.debian.org/ jessie/updates/main linux-base all 4.5~deb8u1 [19,7 kB]
Holen: 5 http://security.debian.org/ jessie/updates/main openssl amd64 1.0.1t-1+deb8u9 [664 kB]
Es wurden 2.258 kB in 2 s geholt (1.005 kB/s).
Lese Changelogs... Fertig
Vorkonfiguration der Pakete ...
(Lese Datenbank ... 47267 Dateien und Verzeichnisse sind derzeit installiert.)
Vorbereitung zum Entpacken von .../libssl1.0.0_1.0.1t-1+deb8u9_amd64.deb ...
Entpacken von libssl1.0.0:amd64 (1.0.1t-1+deb8u9) über (1.0.1t-1+deb8u8) ...
Vorbereitung zum Entpacken von .../libidn11_1.29-1+deb8u3_amd64.deb ...
Entpacken von libidn11:amd64 (1.29-1+deb8u3) über (1.29-1+deb8u2) ...
Vorbereitung zum Entpacken von .../busybox_1%3a1.22.0-9+deb8u2_amd64.deb ...
Entpacken von busybox (1:1.22.0-9+deb8u2) über (1:1.22.0-9+deb8u1) ...
Vorbereitung zum Entpacken von .../linux-base_4.5~deb8u1_all.deb ...
Entpacken von linux-base (4.5~deb8u1) über (3.5) ...
Vorbereitung zum Entpacken von .../openssl_1.0.1t-1+deb8u9_amd64.deb ...
Entpacken von openssl (1.0.1t-1+deb8u9) über (1.0.1t-1+deb8u8) ...
Trigger für man-db (2.7.0.2-5) werden verarbeitet ...
gdbm fatal: write error
dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler, Abbruch:
 Puffer des aktualisierten Status von »man-db« kann nicht geleert werden: Das Dateisystem ist nur lesbar
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (2)
E: Temporäres StateFile /var/lib/apt/extended_states.tmp konnte nicht geschrieben werden.

eggy
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von eggy » 29.07.2018 17:24:17

Puffer des aktualisierten Status von »man-db« kann nicht geleert werden: Das Dateisystem ist nur lesbar
Sieht so aus, als sei da was am Dateisystem. Was sagt "mount"? Dmesg könnte auch Infos haben, längeren Output bitte nach NoPaste (Link findest Du links im Menü).

AndreNeustadt
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von AndreNeustadt » 29.07.2018 17:56:16

Danke für dein Feedback.
Habe die beiden Ausgaben hochgeladen: pastebin/?mode=view&s=40408

pferdefreund
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von pferdefreund » 30.07.2018 07:02:05

Was sagt denn ein df -h - ist eventuell nur die Platte voll ? Wenn ja, sollte ein apt-get clean da mal Platz schaffen.

AndreNeustadt
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von AndreNeustadt » 01.08.2018 20:30:18

Platz ist genug vorhanden:

Code: Alles auswählen

Dateisystem    Größe Benutzt Verf. Verw% Eingehängt auf
/dev/sda1        48G    3,3G   42G    8% /
udev             10M       0   10M    0% /dev
tmpfs           403M    5,5M  397M    2% /run
tmpfs          1006M       0 1006M    0% /dev/shm
tmpfs           5,0M       0  5,0M    0% /run/lock
tmpfs          1006M       0 1006M    0% /sys/fs/cgroup
Leider hat das apt-get clean auch nichts geholfen.
Hat noch jemand eine Idee?

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MSfree
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von MSfree » 01.08.2018 20:55:19

AndreNeustadt hat geschrieben: ↑ zum Beitrag ↑
01.08.2018 20:30:18
Hat noch jemand eine Idee?

Code: Alles auswählen

ls -ld /var/cache/man
?

Code: Alles auswählen

/usr/bin/mandb
?

geier22

Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von geier22 » 01.08.2018 21:36:36

Eine Google suche nach gdbm fatal: write error
Ergibt Lösungsmöglichkeiten :?: :
https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php ... 15#p646815

und hier:https://www.linuxquestions.org/question ... ror-52962/

Code: Alles auswählen

SOLUTION:
----------------
Rebuild the "man" index using "mandb -csp" instead of "mandb -c"
<= THIS SUCCESSFULLY REBUILDS THE "MAN" INDEXES
YOU SHOULD NO LONGER GET ANY "GDBM" ERRORS ... EVEN
THE OFFENDING PAGES (LIKE "pgmnoise") SHOULD WORK OK

AndreNeustadt
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von AndreNeustadt » 02.08.2018 20:08:33

MSfree hat geschrieben: ↑ zum Beitrag ↑
01.08.2018 20:55:19
AndreNeustadt hat geschrieben: ↑ zum Beitrag ↑
01.08.2018 20:30:18
Hat noch jemand eine Idee?

Code: Alles auswählen

ls -ld /var/cache/man
?

Code: Alles auswählen

/usr/bin/mandb
?
ls -ld /var/cache/man
drwxr-sr-x 24 man root 4096 Aug 2 06:25 /var/cache/man
und
/usr/bin/mandb
Alte Datenbankeinträge in /usr/share/man werden gelöscht ...
gdbm fatal: write error

DeletedUserReAsG

Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von DeletedUserReAsG » 02.08.2018 20:13:44

Ist für diesen Zeitpunkt ein Eintrag im Journal oder Log? Nicht, dass es nur ein profaner Hardwareschaden ist ….

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MSfree
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von MSfree » 02.08.2018 21:32:45

AndreNeustadt hat geschrieben: ↑ zum Beitrag ↑
02.08.2018 20:08:33
ls -ld /var/cache/man
drwxr-sr-x 24 man root 4096 Aug 2 06:25 /var/cache/man
Bei mir hat das Verzeichnis eine andere Gruppenzugehörigkeit und andere Rechte. Ich schlage vor, die Rechte mal folgendermassen zu ändern:

Code: Alles auswählen

chown man.man /var/cache/man
chmod 755 /var/cache/man
Gefolgt von

Code: Alles auswählen

/usr/bin/mandb
Wenn das erfolgreich ist, kannst du nochmal mit apt oder apt-get dein System aktualisieren.

AndreNeustadt
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von AndreNeustadt » 04.08.2018 11:45:39

Danke für den Tipp hat aber leider nichts gebracht:

chmod 755 /var/cache/man
/usr/bin/mandb
Alte Datenbankeinträge in /usr/share/man werden gelöscht ...
gdbm fatal: write error

geier22

Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von geier22 » 04.08.2018 11:50:28

Mal versucht, wie oben angesprochen ?:

Code: Alles auswählen

mandb -csp
siehe Manual mandb

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jue
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von jue » 04.08.2018 12:05:30

AndreNeustadt hat geschrieben: ↑ zum Beitrag ↑
29.07.2018 17:01:37
apt-get update und apt-get upgrade
ich mache es natürlich auch immer so. Weil es gestern nicht ging, habe ich es mit synaptic probiert (komische Idee) und es hat damit seltsamerweise funktioniert.
Ich gestehe es: ich liebe Smalltalk
问候
Jin Jue - 酒中有真
-----------------------------

AndreNeustadt
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von AndreNeustadt » 04.08.2018 12:16:17

Hatte leider auch nichts gebracht. Bekomme immer wieder Write Errors:
mandb -csp
Handbuchseiten unter /usr/share/man werden verarbeitet ...
Indexcache des Pfades »/usr/share/man/man1« wird aktualisiert. Bitte warten ...gdbm fatal: write error

geier22

Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von geier22 » 04.08.2018 12:55:00

Noch was gefunden:
https://irulan.net/how-to-fix-gdbm-fatal-read-error/
das wäre dann:

Code: Alles auswählen

# rm -r /var/cache/man
und im Anschluss das Skript ausführen:

Code: Alles auswählen

# /etc/cron.daily/man-db
Kann natürlich sein, dass irgendwelche Fremdsprachigen Einträge in /usr/share/man/ dahin sind
das könnte man zumindest einschränken, indem man die löscht. Ich mache das mit Debianbleachbit als root, geht sicher auch anders.
mein Verzeichnis sieht so aus:

Code: Alles auswählen

ls -al  /usr/share/man
insgesamt 708
drwxr-xr-x  12 root root   4096 Aug  4 12:33 .
drwxr-xr-x 391 root root  12288 Jul 27 09:59 ..
drwxr-xr-x   8 root root   4096 Mär 18 12:21 de
drwxr-xr-x   3 root root   4096 Mär 14 01:19 jp
drwxr-xr-x   2 root root 135168 Aug  4 08:59 man1
drwxr-xr-x   2 root root  69632 Mai 10 05:26 man2
drwxr-xr-x   2 root root 372736 Aug  3 16:52 man3
drwxr-xr-x   2 root root   4096 Jul 28 06:52 man4
drwxr-xr-x   2 root root  20480 Aug  4 08:59 man5
drwxr-xr-x   2 root root   4096 Mai 10 05:26 man6
drwxr-xr-x   2 root root  24576 Aug  4 08:59 man7
drwxr-xr-x   2 root root  53248 Aug  4 08:59 man8

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habakug
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von habakug » 04.08.2018 13:01:14

Hallo,

Vielleicht sind die Inoden alle.

Code: Alles auswählen

# df -i /dev/sda1
Gruss, habakug
( # = root | $ = user | !! = mod ) (Vor der PN) (Debianforum-Wiki) (NoPaste)

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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von MSfree » 04.08.2018 13:01:54

Schieb mal das ganze man-Verzeichnis aus dem Weg und lasse es neu anlegen:

Code: Alles auswählen

su
cd /var/cache
mv man man.old
mandb -csp
Sollte das klappen, kann du das verschobene Verzeichnis löschen mit:

Code: Alles auswählen

rm -rf man.old

michaa7
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von michaa7 » 04.08.2018 13:06:56

Und warum versucht du nicht einmal ein

Code: Alles auswählen

apt-get update && apt-get dist-upgrade
gruß

michaa7

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Menschen ändern gelegentlich ihre Ansichten, aber nur selten ihre Motive. (Oskar Negt)

AndreNeustadt
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Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von AndreNeustadt » 18.08.2018 11:42:30

Ich konnte ein Backup wiederherstellen in dem der Fehler noch nicht war.
Dadurch ist das Problem für mich behoben.

Danke für eure Hilfe!

guennid

Re: APT Upgrade schlägt fehl (dpkg: nicht behebbarer fataler Fehler,)

Beitrag von guennid » 19.08.2018 09:55:11

Schade, dass du michaa7s Vorschlag nicht probiert hast. Den Alias-Namen der Version in der sources.list benutzend, versteh' ich sowieso nicht, warum man stattdessen für's Upgraden eines gegebenen Systems dieses zweifelhafte "upgrade" nimmt .

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