Ich denke, das ist ein sehr vielschichtiges Thema bei dem ich mehrere Effekte sehe:
1. Rein optisch denke ich, dass 3D v.A. deutlich schlechter altert als 2D. Das mag eine Variante des "Uncanny-Valley"-Effekts sein. 2D sieht immer wie Comic aus und ist damit recht weit von der Realität entfernt. Erst mit 3D kann man übehaupt versuchen, realitätsnah auszusehen und wird daran auch entsprechend gemessen.
Als Extrembeispiele möchte ich hier mal "Die Siedler 1 & 2" auf 2D-Seite und den ersten "Tomb Raider"-Teil* auf 3D-Seite anführen. Ersteres sieht immer noch knuffig aus, Letzteres will sich heute eigentlich keiner mehr anschauen.
2. 3D schadet teilweise der Spielmechanik. Die isometrische Ansicht als der "Höhepunkt von 2D-Grafik" bietet eine hervorragende Übersicht über das Spielgeschehen wenn sie richtig gemacht ist. 3D-Grafik wirkt nur schick, wenn die Kamera mehr oder weniger frei drehbar ist. Dabei gibt es aber oft ungünstige Situationen wo Spielinhalte verdeckt werden oder der Überblick verloren geht. Meist tendiert man daher in 3D-Strategiespielen dazu, doch wieder eine isometrische Perspektive einzunehmen.
Zugegeben, das Überdeckungsproblem gibt es bei isometrischer Ansicht auch, aber es lässt sich einfach lösen, indem entweder die isometrische Ansicht in festen Winkeln gedreht wird (siehe Stronghold - finde ich aber nicht optimal), oder indem verdeckte Inhalte als Umrisse dargestellt werden (siehe AoE).
3. Strategiespiele haben eine steile Lernkurve, was in der heutigen Zeit, wo der Markt eher auf "Casual-Gaming" ausgelegt ist, einfach nicht mehr massentauglich ist. Wer klassische Strategiespiele spielen möchte ist ein Nerd. Das war vor 25 Jahren nicht anders. Vor 25 Jahren war aber jeder Computerspieler ein Nerd. "Casual Gamer" gab es damals praktisch nicht. Absolut gesehen gibt es heute vermutlich nicht weniger Nerds als damals, aber sie gehen halt in der Menge der Casuals unter, sind dadurch relativ gesehen weniger und haben daher an Marktstellung verloren.
Als Beispiele für die Lernkurve führe ich hier mal AoE2 (und Varianten) sowie
wesnoth an. Beide haben gemeinsam, dass sie von einem umfangreichen Counter-System leben. Das Counter-System von AoE2 verstehe ich gut genug um Profispielen folgen zu können und es in sehr begrenztem Maße auch selbst anwenden zu können. Das Counter-System von Battle for Wesnoth verstehe ich mangels Beschäftigung damit nicht. Ich bin nur mit dem grundlegenden Konzept von Countern vertraut und erkenne daher, dass hier ebenfalls eines existiert. Wäre ich mit dem Konzept nicht vertraut, dann könnte ich den Reiz von Wesnoth nicht verstehen, denn ich scheitere mangels Basiswissen schon gegen Mitte der Anfängerkampagne.
Nostalgie spielt sicher ebenfalls eine Rolle. Das ist bei mir auf jeden Fall bei AoE(2) der Fall. Ich mag aus nostalgischen Gründen auch C&C Tiberian Dawn und Red Alert 1, bin aber jenseits der Nostalgie der Ansicht, dass es keine guten Strategiepiele sind oder waren. Sie sind zu wenig strategisch, da das im Kern angelegte Counter-System nicht stringent genug durchgezogen ist (die größere Panzermasse gewinnt fast immer).
Wenn man sich dagegen z.B. Starcraft und KKND (jeweils 1. Teil) anschaut, dann ist hier ein deutlich besseres Counter-System implementiert.
Ob es einen 2.Teil-Effekt gibt weiß ich nicht. Wenn ich mir deine Spieleliste anschaue, dann sind einige davon trotz des Titels nicht der zweite Teil der Reihe:
1. Zwischen AoE1 und 2 gab es die Rise-Of-Rome-Erweiterung für AoE1, welche spielmechanisch bereits einige Elemente von Teil 2 vorweg nahm, die sogar dort erst mit Age of Conquerors erschienen (z.B. Einheiten-Warteschlangen (Nennt man das auf Deutsch so?)). Andererseits basiert das alles auf der selben Engine. Ist AoE2 also wirklich der zweite Teil oder nur ein AoE1-Mod und der wirkliche zweite Teil ist erst AoE3?
2. Stronghold Crusader könnte man entweder als 2. Teil von Stronghold betrachten, oder wieder wegen Engine-Gleichheit als ein Mod.
3. Richtig lustig wird's bei C&C. RA2 ist entweder storytechnisch der 2. Teil von RA, enginetechnisch der 2. oder 3. Teil von Tiberian Sun (je nachdem ob man "Firestorm" mitzählt oder nicht), oder der 4.-7. Teil von C&C, wieder in Abhängigkeit von Firestorm und ob man Dune 2 mitzählt (und sogar noch Dune 1, was aber kein RTS war).
Ein 2.Teil-Effekt mag aber insofern existieren, als dass dabei oft aus Budgetgründen auf die Engine des 1. Teiils aufgesetzt und nur Feinschliff betrieben wurde. Dieser Feinschlif gibt 2. Teilen oft Vorteile gegenüber dem 1. Teil ohne dabei die guten Dinge abzuräumen, wie es oft ein 3. Teil mit neuer Engine tut.
Als Beispiel sei hier auf die begrenzte Einheitenselektion in Dune 2 gegenüber C&C1 Tiberian Dawn verwiesen.
*) Ja ich weiß, das ist kein Strategiespiel, aber es eignet sich hervorragend um den Grafikaspekt zu verdeutlichen.