pkexec und synaptic laufen nur auf X und haben mit Wayland nichts am Hut. Stattdessen nutzen sie Xwayland, das vom Zugriff her ein X server wie jeder andere ist.
Es ist also eine Frage der Konfiguration von pkexec und der Authorisierung für Xwayland-Zugriff. (Gnome 3 geht da seltsame Wege.)
pkexec löscht die Variablen DISPLAY und XAUTHORITY. Ohne die kann kein Programm, egal ob root oder normaler User, auf X oder Xwayland zugreifen.
Eine Möglichkeit, um root Zugriff auf Xwayland zu geben, ist:
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xhost +SI:localuser:root
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xhost -SI:localuser:root
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pkexec env $(env) synaptic
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pkexec env DISPLAY=$DISPLAY XAUTHORITY=$XAUTHORITY synaptic
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sudo -EH synaptic