mit ufraw habe ich wenig Erfahrung, aber wenn es darum geht raw-Dateien von Fuji Kameras, speziell von Kameras mit einem X-Trans-Sensor, dann kann ich
darktable sehr empfehlen. Die darktable-Entwickler haben sich bei X-Trans-Sensoren (die nicht über ein Bayer sondern ein anderes Farbfilter/-pixelmuster verfügen) viel Mühe gegeben.
Wenn einem die Arbeitsweise von und mit darktable nicht zusagt, lassen sich (zumindest seit buster) Bilder auch mit darktables Hilfe in gimp öffnen und weiterbearbeiten – dabei wird darktable quasi als gimp-Plugin verwendet: es erscheint darktable mit einer temporären Bildersammlung mit lediglich dem zu öffnenden Bild, man kann alle darktable-Plugins und -Regler beliebig nutzen und einstellen und nach dem Beenden von darktable landet das Ergebnis in gimp.
Das stapelverarbeitungsmäßige Konvertieren/Exportieren aus darktable ist sowieso kein Problem.
EDIT:
Ach so und was ufraw angeht, ich glaube da ist schon ein paar Jahre lang nichts mehr passiert. Es gibt aber einen Fork von ufraw namens nufraw [1], der vermutlich die bessere Wahl ist. Debianpakete habe ich keine gefunden, aber ich vermute aus den Quellen für die Ubuntupakete lassen sich auch unter Debian Pakete bauen (oder mit etwas Glück laufen sogar direkt die Pakete von Ubuntu).
[1]
http://matteolucarelli.altervista.org/nufraw/