[gelöst] Problem: Chemfig mit Live-Latex aufzurufen

[Eugenex]

Hallo liebe Forum - Mitglieder,
eine Pharmazie-Doktorandin hat mich gebeten bei der Erstellung ein paar chemische Formeln in ihrer Arbeit zu helfen.

Nun, unter Lubuntu konnte ich \usepackage{chemfig} unter Gummi aufrufen, jedoch unter debian9 auf meinem PC seit einem Monat nicht mehr.
Auf einer Seite gab es dazu eine Hilfestellung, das Problem manuell zu beheben, in dem chemfig.sty, chemfig.tex & t-chemfig.tex in den Pfad /usr/share/texmf/tex/latex/chemfig/ kopiert und anschließend mit texhash aktualisiert.
Leider hat es mir nicht geholfen. Reinstall der Paketen habe ich auch schon gemacht.

Hat jemand eine Lösung, was ich falsch gemacht haben konnte?
Danke im Voraus!

Eugenex

[eggy]

Fehlermeldungen? dahin -> pastebin/

[shoening]

Hi,

das Kopieren hört sich sehr nach manueller Installation an.

Probier es doch mal mit den Debian Paketen.

Bei mir sagt apt-file, dass sich chemfig.sty im Debian Paket texlive-pictures befindet. Probier mal, das zu installieren.

Ciao
Stefan

[Eugenex]

sudo apt-get install --reinstall texlive-pictures habe ich ausgeführt.

sudo apt-file texlive-pictures: Befehl nicht gefunden

Irgendetwas ist im System fehlgeschlagen, anders kann ich mir nicht erklären.

[shoening]

Hi,

apt-file ist nicht per default installiert. Damit kann man Debian Paketen suchen, wenn man nur Dateinamen - oder Teile davon - hat.

Wenn Dein erster Befehl

Code: Alles auswählen

apt-get install --reinstall texlive-pictures

funktioniert hat, dann solltest Du die benötigten Dateien unter

Code: Alles auswählen

/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/chemfig/

finden können. Ein texhash ist dann auch nicht mehr notwendig, den sollte debian automatisch mit erledigen.

Ciao
Stefan

[Eugenex]

Danke dir Stefan!
Ich musste vorher apt-file installiert haben, um apt-file texlive-pictures ausführen zu können
Ich checke heute diesen Pfad und berichte darüber, ob es was geworden ist.
Einen schönen Tag.

[smutbert]

apt-file benötigst du nur zum Nachvollziehen wie man auf den Namen des möglicherweise fehlenden Pakets kommt. Ohne etwas zu installieren kann man das auch bei der Online-Paketsuche herausfinden: Einfach hier nach Paketinhalten („Pakete mit Dateien, deren Namen das Suchwort enthalten“) mit zum Beispiel dem Begriff chemfig suchen und man erhält diese Paketliste:
https://packages.debian.org/search?sear ... e&arch=any


Zur eigentlichen Lösung hast du schon das richtige gemacht: texlive-pictures installiert.
Nachdem das nichts geholfen hat, wäre es interessant ob dabei irgendwelche Fehlermeldungen aufgetaucht sind (im Zweifesfall kannst du den Befehl

Code: Alles auswählen

apt-get install --reinstall texlive-pictures

noch einmal ausführen und die Ausgabe posten).
Es könnte vielleicht auch sein, dass das was du nach »/usr/share/texmf/tex/latex/chemfig« kopiert hast nicht vollständig oder sonstwie kaputt ist und verhindert, dass das Latex-Paket von Debian, das sich in »/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/chemfig« befindet, verwendet wird.
Wenn du dich noch erinnern kannst, was du alles kopiert/geändert hast, hilft es also unter Umständen diese Änderungen wieder rückgängig zu machen.

Außerdem könnte zumindest theoretisch auch bei der benutzerspezifischen Latex-Konfiguration etwas kaputt sein. Das könntest du ausschließen indem du einen neuen Benutzer anlegst und es (das Übersetzen des Latex-Dokuments) unter dem neuen Benutzeraccount ausprobierst.

[TuxPeter]

Da ich gerade mit Latex in TeXstudio (unter Strech) arbeite, habe ich mal nachgeschaut:
texlive-pictures war bereits installiert, keine Ahnung, wobei es mitgezogen wurde. Also habe ich mal getestet:

\usepackage{chemfig}
und dann ohne jedes Verständnis aus der Doku abgeschrieben:
\chemfig{A-B([1]-X([2]-Z)-Y)(-[7]D)-C}
und es ergab sich eine nette, sehr chemisch aussehende Struktur im Output.

Folglich würde ich davon ausgehen, dass deine Installation kaputt ist und das Ganze mal neu installieren.

[Eugenex]

Code: Alles auswählen

/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/chemfig$ ls -l
insgesamt 108
-rw-r--r-- 1 root root   2179 Dez  1  2015 chemfig.sty
-rw-r--r-- 1 root root 100792 Dez  1  2015 chemfig.tex
-rw-r--r-- 1 root root   2081 Dez  1  2015 t-chemfig.tex

ist alles da.

Ich starte gleich als anderer Benutzer und führe die Datei nochmal aus.

[Eugenex]

Jawohl Leute! Mit 'nem anderen Account hat es mir gelungen auch \chemfig{A-B([1]-X([2]-Z)-Y)(-[7]D)-C} darzustellen.
Sogar als root habe ich mir erlaubt tex Datei auszuführen.

Eine logische Erklärung: ein Fehler in meinem Home Ordner einer Profildatei, oder?

[smutbert]

Dann würde ich »~/.texlive2016« (stretch, bei anderen Debianversionen wird das vermutlich anders heißen) umbenennen oder gleich löschen. Damit sollte der Benutzer latex-mäßig auf demselben Stand sein wie ein frisch angelegter Benutzer.

[Eugenex]

#smutbert
Genau! Dann würde sie frisch neu erzeugt. Danke smutbert
Ich berichte später darüber.

[Eugenex]

Das Problem bleibt trotz des gelöschten Ordners bestehen!
Bringt mir was, apt-get purge live-pictures auszuführen, oder besser alle LaTeX Pakete mit Gummi komplett entfernen und dann installieren?

[smutbert]

Nein, das wird nichts bringen, du hast es ja bereits mit der Option --reinstall installiert.

Die Ursache muss irgendetwas benutzerspezifisches sein und so etwas lässt sich nicht durch (De-)Installation von Paketen lösen. Wäre gummi schuld, würde es genügen »~/.config/gummi« zu löschen, aber da ist bestimmt nichts störendes drin und auch sonst wüsste ich im Homeverzeichnis, was für benutzerspezifische Dinge, antürlich die erste Anlaufstelle ist, nichts was noch verdächtig wäre.


Eigentlich ist das nächstbeste was mir einfällt, das was du selbst hineinkopiert hast, ist allerdings ein bisschen weit hergeholt:
Es könnte sein, dass die Berechtigungen von »/usr/share/texmf/tex/latex/chemfig« so lauten, dass der Inhalt nur unter deinem normalen Benutzeraccount stört. Ich würde mir also erstens die Berechtigungen von diesem Verzeichnis und der Dateien darin ansehen, ob das überhaupt denkbar ist

Code: Alles auswählen

$ ls -al /usr/share/texmf/tex/latex/chemfig

(wenn da überall "root root" als Eigentümer steht, muss die Ursache woanders liegen)
dann nachsehen ob in »/usr/share/texmf/tex/latex« überhaupt irgendetwas ist, was von der Paketverwaltung kommt (auf meinem System existiert das Verzeichnis gar nicht und ich habe ziemlich viele tex/latex-Pakete installiert)

Code: Alles auswählen

$ dpkg -S /usr/share/texmf/tex/latex

und wenn nicht ("dpkg-query: Kein Pfad gefunden, der auf Muster /usr/share/texmf/latex passt") dieses Verzeichnis löschen

Code: Alles auswählen

# rm -rf /usr/share/texmf/tex/latex

(und beim letzten Befehl darauf achten, dass sich keine Tippfehler einschleichen!)


Wenn das auch nicht die Ursache ist, habe ich vorläufig keine Idee mehr und kann nur vorschlagen entweder den alten Benutzeraccount aufzugeben oder Debian neu zu installieren.

(Wobei eine Idee, um herauszufinden ob der Fehler nun sicher außerhalb des Homeverzeichnisses ist, habe ich schon. Du könntest das Homeverzeichnis des neu angelegten funktionierenden Benutzers mit einer Kopie deines nicht funktionierenden Benutzers überschreiben und Eigentümer und Gruppe wieder auf den neuen Benutzer ändern:
Wenn dann das Problem auch mit dem neuen Benutzer auftritt, dann kann man meine obige Idee nicht ganz falsch sein, aber vielleicht hat ja jemand anderes noch eine bessere Idee.)

[Eugenex]

Danke Smutbert,

dann folge ich deinen Anweisungen und probiere es aus. Durch die Probleme lernt man auch mehr und gewinnt ein Verständnis für das Thema. An sonsten wäre eine Neuinstallation auch nicht verkehrt, die Daten sind schon gebackupt.

[Eugenex]

So sieht es bei mir aus,

Code: Alles auswählen

ls -al /usr/share/texmf/tex/latex/chemfig
ls: Zugriff auf '/usr/share/texmf/tex/latex/chemfig' nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
$ ls -al /usr/share/texmf/tex/latex/
insgesamt 32
drwxr-xr-x 8 root root 4096 Mär  5 21:29 .
drwxr-xr-x 3 root root 4096 Dez 22 15:26 ..
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Dez 22 15:38 cm-super
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Dez 22 15:26 lm
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Dez 22 15:26 preview
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Dez 22 15:26 prosper
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Dez 22 15:27 tex-gyre
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Dez 22 15:30 tipa
$ dpkg -S /usr/share/texmf/tex/latex
prosper, cm-super-minimal, tex-gyre, preview-latex-style, lmodern, tipa: /usr/share/texmf/tex/latex

hiermit ziehe ich eine Neuinstallation dem ewigen Suchen bevor, arbeite aber auch noch mit 'nem zweiten Account.

Danke für Eure Tipps!

[eggy]

Unter sid liegen die Datein in
/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/chemfig
ich geh mal davon aus, dass das in stable auch so sein sollte

"apt-cache search chemfig" spuckt bei mir die folgenden drei aus:
texlive-pictures - TeX Live: Graphics, pictures, diagrams
texlive-latex-extra - TeX Live: LaTeX additional packages
texlive-science - TeX Live: Mathematics, natural sciences, computer science packages

Schau mal welchen Installationsstatus die haben:
dpkg -l texlive-pictures
dpkg -l texlive-latex-extra
dpkg -l texlive-science

[smutbert]

Unter sid liegen die Datein in
/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/chemfig
ich geh mal davon aus, dass das in stable auch so sein sollte
[…]

Wir wissen ja mittlerweile, dass es grundsätzlich (mit anderen Benutzern) funktioniert, aber im Homeverzeichnis des betroffenen Benutzers wüsste ich nicht wo man noch nach der Ursache suchen könnte.
Deshalb wollte ich wissen ob die (.sty) Dateien, die Eugenex selbst dorthin kopiert hat etwa wegen den Dateirechten irgendwie schuld an der Misere sein können (siehe Eröffnungsbeitrag), aber das ist offensichtlich auch nicht der Fall.

[eggy]

Ich geh davon aus, dass er noch Teile von dem Zeug im Pfad hat, das Paket an sich aber (evtl nicht vollständig) installiert ist.
Die Artefakte müsste man halt wieder rausfrickeln, dann die Pakete neu installieren und dann sollteTM es laufen.
Oder auch nicht ... mit Logs lässt sich sowas einfacher nachvollziehen, aber wenn die "geheim" sind kann man halt nichts machen

Edit: Gedanke zu Ende aufgeschrieben

[Eugenex]

@smutbert
Also, die Daten chem.sty und andere habe ich nachdem hinein kopiert, als dieser Fehler aufgetretten hat. Und hat sich nichts geändert.
Die Log-dateien habe ich in "paste" gepostert nur nicht auf diese Quelle verlinkt.

Demnächst analysiere ich die Pfade nochmals mit von euch vorgeschlagenen Kommandozeilen, denn es ist wichtig der Sache auf den Grund kommen und den Lösungsweg nachvollziehen, wo der Hacken steckte. Bis jetzt hatte ich wenig Zeit dafür.

[Eugenex]

Hallo eggy, das hat mir mein Debby ausgespuckt, allerdings bin ich weit nicht auf deinem Kenntnis-Niveau daraus die richtigen Rückschlüsse zu machen.

Code: Alles auswählen

user@stretch:/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/chemfig$ ls -l
insgesamt 108
-rw-r--r-- 1 root root   2179 Dez  1  2015 chemfig.sty
-rw-r--r-- 1 root root 100792 Dez  1  2015 chemfig.tex
-rw-r--r-- 1 root root   2081 Dez  1  2015 t-chemfig.tex
user@stretch:/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/chemfig$ sudo apt-cache search chemfig
[sudo] Passwort für user: 
texlive-pictures - TeX Live: Graphics, pictures, diagrams
texlive-latex-extra - TeX Live: LaTeX additional packages
texlive-science - TeX Live: Mathematics and science packages
user@stretch:/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/chemfig$ sudo dpkg -l texlive-pictures
Gewünscht=Unbekannt/Installieren/R=Entfernen/P=Vollständig Löschen/Halten
| Status=Nicht/Installiert/Config/U=Entpackt/halb konFiguriert/
         Halb installiert/Trigger erWartet/Trigger anhängig
|/ Fehler?=(kein)/R=Neuinstallation notwendig (Status, Fehler: GROSS=schlecht)
||/ Name           Version      Architektur  Beschreibung
+++-==============-============-============-=================================
ii  texlive-pictur 2016.2017012 all          TeX Live: Graphics, pictures, dia
user@stretch:/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/chemfig$ 

[eggy]

LaTeX sucht nach einzubindenden Dateien im aktuellen Verzeichnis zuerst, und nur wenn es da nichts passendes findet, schaut woanders (da wo Debian die Sachen hintut) nach.

"apt-cache search chemfig" sagt Dir in welchen Paketen (bzw Paketbeschreibungen) der Begriff "chemfig" vorkommt.

"dpkg -l texlive-pictures" sagt Dir in welchem Installationszustand sich ein Paket befindet, dabei steht das "ii" am Anfang der Zeile für "Paket installiert" (genauer der erste Wert für "Gewünschte Aktion" und der zweite für "Paketstatus", in dem Fall "Installieren/Installiert" (siehe auch "man dpkg-query"))

[Eugenex]

Danke für die kleine Aufklärung.
Ich habe mich ein bisschen in das Thema eingelesen und kam zum Entschluss, es kann nur mit meinem Account etwas nicht stimmen.

Code: Alles auswählen

user@stretch:~$ apt-cache search chemfig
texlive-pictures - TeX Live: Graphics, pictures, diagrams
texlive-latex-extra - TeX Live: LaTeX additional packages
texlive-science - TeX Live: Mathematics and science packages

Hierbei werden alle Pfade zu chemfig gefunden. Außerdem die anderen Accounts erkennen das Paket.

[shoening]

Hi,

LaTeX sucht nach einzubindenden Dateien im aktuellen Verzeichnis zuerst, und nur wenn es da nichts passendes findet, schaut woanders (da wo Debian die Sachen hintut) nach.

Zum woanders:
TeX aktualisiert nach einer Installation seine „Datenbanken“ in Form von ls-R Dateien. Du könntest als der User, bei dem es
nicht funktioniert einfach mal

Code: Alles auswählen

mktexlsr

starten und dabei schauen, ob er eine lokale ls-R Datei schreibt (die Systemweiten Dateien unter /var/lib/texmf bzw. /usr/local/share/texmf kannst Du als normaler Benutzer nur lesen).

Vielleicht findest Du in der lokalen TeX-Pfad Datenbank die kaputten Versionen der gesuchten Dateien.

Ciao
Stefan

[Eugenex]

Leute, ich habe es letztendlich geschafft

Folgendes habe ich ausgeführt:

Code: Alles auswählen

user@stretch:~$ sudo apt-get -f install --reinstall texlive-pictures texlive-latex-extra texlive-science

Und dann lief es! Zum Glück habe ich das System nicht nochmal installiert und damit viel Zeit vergeudet. Die Daten sollten evtl. beschädigt sein, so dass ich als Hauptuser keine Formeln zeichnen könnte.

@shoening
Dein Befehl teste ich auch aus.

Viele Dank euch allen
Das Thema ist erfolgreich abgeschlossen!