Cron scheidet also aus - alles nach 6 Uhr. Um 2:30 ist gar nichts (außer stündlichen Jobs, falls es die überhaupt gibt).
Bei der Default-Konfiguration von smartd.conf werden akut auftretende Fehler an ein Script namens smartd-runner übergeben (ich hoffe, da fehlt ein "r" am Ende) und da steht drin, dass run-parts alle Scripte in /etc/smartmontools/run.d mit den SMART-Meldungen als Argument ausführen soll ...
Jedenfalls sind keine Selftests programmiert - scheidet also auch aus.
Logrotate entfaltet seine Aktivitäten auch mit cron. Also erst am frühen morgen. Außerdem wären Probleme allenfalls zu erwarten, wenn wirklich große Logfiles z.B. komprimiert werden. (ich habe übrigens übertrieben - mein Shorewall-Logfile war bloß knapp über 6 GB groß ...)
Keine weiteren Server (NFS-Server wird nachts nichts tun) ... was also kann die CPU mitten in der Nacht beschäftigen? Spannend.
Welcher Mailserver läuft? Was tut er?
Welche Prozesse laufen? Vielleicht nur mal
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ps -e