apt update hängt mehrfach für 5min

Vom einfachen Programm zum fertigen Debian-Paket, Fragen rund um Programmiersprachen, Scripting und Lizenzierung.
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ceebes
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apt update hängt mehrfach für 5min

Beitrag von ceebes » 08.04.2021 11:11:31

Hallo zusammen
OS: Debian 10 (4.19.0-16-amd64) - native Installation

Nachdem ich ein "apt upgrade" ausgeführt habe, blieb der Update Prozess 3 mal für ziemlich genau 5min stehen.
Zeitlich passen diese Logs ziemlich zu diesem Phänomen:

Code: Alles auswählen

08.04 11:06:22 root|xyz:~$ grep "Failed" /var/log/syslog
Apr  8 08:31:44 xyz systemd[1]: Failed to get initial list of names: Connection timed out
Apr  8 08:33:14 xyz systemd[1]: Failed to get initial list of names: Connection timed out
Apr  8 08:34:45 xyz systemd[1]: Failed to get initial list of names: Connection timed out
Apr  8 08:36:15 xyz systemd[1]: Failed to get initial list of names: Connection timed out
Netzwerk issues usw. kann ich ausschliessen.

Ich habe zudem dieses Phänomen auch schon bei Ubuntu 18.04 Servern erlebt. Diese sind jedoch jeweils für ca. 15min im Update Prozess stehen geblieben. Nachdem ich jeweils den dbus Prozess gekillt habe, hat dann alles wieder flüssig funktioniert.

Folgende Pakete wurden heute morgen aktualisiert:

Code: Alles auswählen

08.04 11:07:38 root|xyz:~$ grep " installed" /var/log/dpkg.log
2021-04-08 08:25:42 status installed base-files:amd64 10.3+deb10u9
2021-04-08 08:25:42 status installed libsystemd0:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:25:44 status installed libudev1:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:30:14 status installed systemd:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:30:16 status installed debian-archive-keyring:all 2019.1+deb10u1
2021-04-08 08:30:33 status installed linux-image-4.19.0-16-amd64:amd64 4.19.181-1
2021-04-08 08:30:33 status installed systemd-sysv:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:30:33 status installed libssl1.1:amd64 1.1.1d-0+deb10u6
2021-04-08 08:30:33 status installed linux-libc-dev:amd64 4.19.181-1
2021-04-08 08:30:33 status installed libnss-systemd:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:30:33 status installed libcurl3-gnutls:amd64 7.64.0-4+deb10u2
2021-04-08 08:30:33 status installed linux-image-amd64:amd64 4.19+105+deb10u11
2021-04-08 08:30:33 status installed libpython3.7-minimal:amd64 3.7.3-2+deb10u3
2021-04-08 08:30:33 status installed libssl-dev:amd64 1.1.1d-0+deb10u6
2021-04-08 08:36:15 status installed udev:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:36:15 status installed python3.7-minimal:amd64 3.7.3-2+deb10u3
2021-04-08 08:36:15 status installed groff-base:amd64 1.22.4-3+deb10u1
2021-04-08 08:36:15 status installed libpam-systemd:amd64 241-7~deb10u7
2021-04-08 08:36:15 status installed libcurl4:amd64 7.64.0-4+deb10u2
2021-04-08 08:36:15 status installed curl:amd64 7.64.0-4+deb10u2
2021-04-08 08:36:15 status installed openssl:amd64 1.1.1d-0+deb10u6
2021-04-08 08:36:15 status installed libbsd0:amd64 0.9.1-2+deb10u1
2021-04-08 08:36:15 status installed iputils-ping:amd64 3:20180629-2+deb10u2
2021-04-08 08:36:15 status installed libpython3.7-stdlib:amd64 3.7.3-2+deb10u3
2021-04-08 08:36:16 status installed python3.7:amd64 3.7.3-2+deb10u3
2021-04-08 08:36:16 status installed libc-bin:amd64 2.28-10
2021-04-08 08:36:18 status installed man-db:amd64 2.8.5-2
2021-04-08 08:41:21 status installed dbus:amd64 1.12.20-0+deb10u1
2021-04-08 08:41:21 status installed mime-support:all 3.62
2021-04-08 08:41:30 status installed initramfs-tools:all 0.133+deb10u1
Ist jemanden so ein Verhalten auch schon aufgefallen??

Vielen Dank und Gruss A

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Re: apt update hängt mehrfach für 5min

Beitrag von Blackbox » 10.04.2021 02:11:28

Für den Einstieg.
Du könntest noch den Inhalt deiner

Code: Alles auswählen

/etc/apt/sources.list
zur Verfügung stellen.
Eventuell hast du einfach nur langsame Server erwischt?
Lieber mehr Informationen zum System bzw. zur Konfiguration liefern, als zu wenig.
Das zeigt das du dich vorher schon einmal informiert hast, dann hilft man gleich viel lieber, weil man davon ausgehen kann, dass Interesse besteht, etwas lernen zu wollen.
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ceebes
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Re: apt update hängt mehrfach für 5min

Beitrag von ceebes » 10.04.2021 09:52:00

Jo klar doch schicke ich noch die sources.list:

Code: Alles auswählen

10.04 09:48:24 root|xyz:~$ cat /etc/apt/sources.list
deb http://pkg.adfinis-sygroup.ch/debian/ buster main
deb-src http://pkg.adfinis-sygroup.ch/debian/ buster main

deb http://security.debian.org/debian-security buster/updates main
deb-src http://security.debian.org/debian-security buster/updates main

deb http://pkg.adfinis-sygroup.ch/debian/ buster-updates main
deb-src http://pkg.adfinis-sygroup.ch/debian/ buster-updates main

GIbts da was auffälliges?

Und falls dich noch die Latenz interessiert....:

Code: Alles auswählen

10.04 09:48:58 root|xyz:~$ ping pkg.adfinis-sygroup.ch
PING pkg.adfinis-sygroup.ch(sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165)) 56 data bytes
64 bytes from sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165): icmp_seq=1 ttl=58 time=4.44 ms
64 bytes from sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165): icmp_seq=2 ttl=58 time=3.99 ms
64 bytes from sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165): icmp_seq=3 ttl=58 time=3.98 ms
64 bytes from sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165): icmp_seq=4 ttl=58 time=3.95 ms
64 bytes from sr-adsy-mirrors-01.adfinis-sygroup.ch (2001:618:1:129::165): icmp_seq=5 ttl=58 time=3.93 ms

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Re: apt update hängt mehrfach für 5min

Beitrag von Blackbox » 10.04.2021 12:25:20

Ist das dein eigener Debian Mirror bzw. hast du Zugriff auf die Logfiles dieses Mirrors?

Die Meldung aus deinem syslog

Code: Alles auswählen

Apr  8 08:31:44 xyz systemd[1]: Failed to get initial list of names: Connection timed out
könnte auf ein Netzwerkproblem hindeuten?
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Re: apt update hängt mehrfach für 5min

Beitrag von smutbert » 10.04.2021 12:45:10

Mir kommt das bekannt vor und bei mir hatte ein ähnliches Problem nichts mit dem Netzwerk oä zu tun sondern irgendetwas mit systemd und möglicherweise dbus hat wegen falscher Rechte von / ganz und gar nicht funktioniert.

Hat die Installation irgendeine besondere Vergangenheit mit der sich etwas ähnliches erklären ließen (wurde das System beispielsweise schon einmal von einem Backup wiederhergestellt oder so)?

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Re: apt update hängt mehrfach für 5min

Beitrag von Blackbox » 10.04.2021 13:29:23

smutbert hat geschrieben: ↑ zum Beitrag ↑
10.04.2021 12:45:10
Mir kommt das bekannt vor und bei mir hatte ein ähnliches Problem nichts mit dem Netzwerk oä zu tun sondern irgendetwas mit systemd und möglicherweise dbus hat wegen falscher Rechte von / ganz und gar nicht funktioniert.
Interessanter Input, daran habe ich gar nicht gedacht, weil ich ein solches Problem noch nie hatte.
smutbert hat geschrieben: ↑ zum Beitrag ↑
10.04.2021 12:45:10
Hat die Installation irgendeine besondere Vergangenheit mit der sich etwas ähnliches erklären ließen (wurde das System beispielsweise schon einmal von einem Backup wiederhergestellt oder so)?
Du vermutest, dass das Problem ursächlich an einem Berechtigungsproblem liegen könnte?
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Re: apt update hängt mehrfach für 5min

Beitrag von smutbert » 10.04.2021 13:54:25

Für Vermutungen ist es mir zu früh, aber der Fehler ist schon merkwürdig und hat mich an mein damaliges Problem erinnert. (Bei mir waren es falsche Rechte von /, die beim Hantieren mit btrfs-Subvolumes entstanden sind, alles weiter unten in der Verzeichnishierarchie war ok und das hatte einige sehr merkwürdige Auswirkungen.)
Ob es genau dasselbe sein könnte wie bei mir, ließe sich durch ein einfaches

Code: Alles auswählen

ls -ld /
klären.

Dafür oder etwas ähnliches würde
ceebes hat geschrieben: ↑ zum Beitrag ↑
08.04.2021 11:11:31
Ich habe zudem dieses Phänomen auch schon bei Ubuntu 18.04 Servern erlebt. Diese sind jedoch jeweils für ca. 15min im Update Prozess stehen geblieben. Nachdem ich jeweils den dbus Prozess gekillt habe, hat dann alles wieder flüssig funktioniert.
sprechen, aber es kann ja auch etwas ganz anderes sein, nur glaube ich weniger an ein Netzwerkproblem, denn zumindest der Ping deutet ja auf keine Probleme hin. Trotzdem deuten die gleichbleibenden 5 bzw. 15 Minuten auf irgendeinen Timeout.

Die Namensauflösung (libnss → »/etc/nsswitch.conf«) ist meiner Erfahrung nach auch immer wieder für Überraschungen gut, aber so lange Timeouts an der Stelle wären mir neu.

ceebes
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Re: apt update hängt mehrfach für 5min

Beitrag von ceebes » 14.04.2021 09:10:53

Sorry für meine Abwesenheit!

@Blackbox - nein, ist nicht mein mirror. Könnte möglich sein, jedoch hängt IMHO der Update Prozess beim installieren, nicht beim Download.

Ich tendiere eher auf @smutbert 's Input
- Das Debian ist nativ installiert, wobei mit Ansible konfiguriert. Zudem wurden fürs Login auch Anpassungen an den pam Settings vorgenommen, dass eine LDAP Auth usw. möglich ist.
- Die Rechte sehen ok aus würde ich sagen:

Code: Alles auswählen

14.04 09:07:56 root|xyz:~$ ls -ld /
drwxr-xr-x 18 root root 4096 Apr  8 08:30 /
14.04 09:07:58 root|xyz:~$ 
- hingegen der Input von nsswitch könnte hilfreich sein! Siehe mein Input von oben...

Code: Alles auswählen

14.04 09:07:58 root|xyz:~$ cat /etc/nsswitch.conf
##################
# Ansible managed
##################
# /etc/nsswitch.conf
#
# Example configuration of GNU Name Service Switch functionality.
# If you have the `glibc-doc-reference' and `info' packages installed, try:
# `info libc "Name Service Switch"' for information about this file.

passwd:         files ldap
group:          files ldap
shadow:         files ldap
gshadow:        files

hosts:          files dns
networks:       files

protocols:      db files
services:       db files
ethers:         db files
rpc:            db files

netgroup:       nis
Seltsam wäre jedoch, dass diese Timeouts nicht immer auftreten bei einem upgrade!
Grüsse A

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