Ich habe das gerade unter Xfce testweise nachgestellt und kann deine Beobachtung bestätigen. Super_L scheint keine höheren Modifier-Level zu akzeptieren. Ich könnte mir vorstellen dass es damit zusammenhängt, dass die Taste selbst ein Modifier (mod4) ist. Diesen Modifier zu löschen bringt aber keine Abhilfe.
Ich bin allerdings über einen anderen Ansatz zu einer Lösung gekommen, und zwar nicht über xmodmap, sondern über setxkbmap bzw. die Tastaturdefinition in
/usr/share/X11/xkb/keycodes/evdev.
Die <>-Taste hat dort den Namen <LSGT> und wird auf Keycode 94 gemapt. Ändert man diesen Keycode in 133 und kommentiert die spätere Definition von <LWIN> = 133; aus, so verhält sich die linke Windows-Taste nach einem Neustart so, wie du es vermutlich willst.
Diese Lösung hat einen Schönheitsfehler, denn
/usr/share/X11/xkb/keycodes/evdev ist in
xkb-data enthalten und die Datei zu modifizieren bedeutet, dass man das Paket eigentlich auf "hold" setzen müsste um zu verhindern, dass potenzielle Updates durch Debian die Änderung wieder rückgängig machen. Das wiederum birgt natürlich die Gefahr von zukünftigen Inkomaptibilitäten.
Ich habe allerdings auf einem meiner Systeme zwischen Squeeze und Jessie bereits in xkb-data rumgepfuscht und mir ist dabei innerhalb eines Releases noch nie ein Update des Pakets untergekommen. Hässlich ist die Lösung natürlich trotzdem.
Unter [1] wird beschrieben, wie man so eine Änderung angeblich auch ohne Eingriff ins System nur auf Basis einer User-Konfiguration machen kann. Die dafür nötige lokale Konfigurationsdatei sollte wohl so aussehen:
Möglicherweise muss zusätzlich noch die <LWIN>-Definition gelöscht werden. Wie man das macht weiß ich nicht.
Wenn ich allerdings die in [1] beschriebene setxkbmap-sed-xkbcomp-Kette ausführe wirft mir das Terminal einen Haufen Fehler und zerwürgt mir einzelne Tasten. Dem nachzugehen bin ich gerade zu faul.
[1]
https://unix.stackexchange.com/question ... s-with-xkb