Ach, systemd... wie so vieles bei systemd geht das schon, aber man muss indirekt arbeiten.
Als erstes führe dir
zu Gemüte.
Du wirst feststellen, dass a) für den user-1000.service eine eigene
journald@user-1000.service.conf Datei existiert, und b) du Logrotation über zwei Parameter beeinflussen kannst.
1) SystemMaxFileSize
2) MaxFileSec
Mit 1) kannst du angeben, wie groß eine Logdatei werden darf, bevor eine neue Datei erstellt wird. Mit 2) kannst du angeben, wie viel Zeit vergehen darf, bis eine neue Datei erstellt wird. Ich glaube (!), dass journald beides berücksichtigt und rotiert, wenn min. eine der beiden Bedingungen erfüllt ist, aber es gibt Feinheiten zu beachten, z.B. welchen Speichermodus du für dein Journal verwendest. Wie gesagt: man journald.conf ist dein Freund.
Mit
3) SystemMaxUse und
4) SystemKeepFree
kannst du globale Obergrenzen für journald einstellen. 3) bestimmt wieviel Speicherplatz journald insgesamt maximal benutzen darf (default sind 4GB oder 10% des Filesystems, was immer kleiner ist), und 4) bestimmt wieviel Platz mindestens auf dem Filesystem frei gehalten werden muss (ich meine default ist hier 15%, bin mir aber nicht so sicher). Daraus folgt, journald beginnt Logdateien wegzuwerfen, wenn die Limits verletzt werden.
Was dir übrigens auch helfen kann, ist die Einträge für den User-1000.service zu "compressen". journald speichert Logs ja eh in einem Binärformat (tolle Idee!) und da macht das Komprimieren das auch nicht schlimmer.