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Der Mailer in den alten Opera-Versionen konnte auch virtuelle Ordner bzw. Labels und wäre für Linux und Windows verfügbar. Ist halt derzeit leider nur als uralt-Build in den pre-Webkit-Versionen von Opera verfügbar (ich meine Vivaldi wollte den Mailer auch irgendwann implementieren...).

Ansonsten würde ich das Problem wie die anderen hier mit einer Kombination aus Thread-/Konversationsansicht und dem Sortieren von Mail nach Priorität ("Später") lösen.

Du kannst genausogut auch im Mailkörper / body nach Schlüsselwortern suchen und entsprechende Regeln setzen.

Das geht im Mailclient oder auch, wenn erlaubt/vorbereitet, auf dem Server per sieve-Regeln.

Problem beim sieve: es ist ein doppelter Regelsatz zu pflegen (hier mache ich das mit dem webmailer roundcube,
es gibt aber zBsp. auch claws-mail-managesieve),
und das sieve filtert nur beim Eingang, ein nachträgliches/wiederholtes Anwenden der Regeln ist normalerweise nicht vorgesehen und bedarf wohl tricky-Walkarounds.
Weiterhin sollten die sieve-Regeln nur mit einem Client gepflegt werden, da sich deren Syntax häufig unterscheiden.

Ich kann die sieveregeln mit vim direkt am Server editieren, oder mit dem Thunderbird-Sieve-Plugin.
Roundcube pfuscht da schön dazwischen, und biegt den Link zum default-Sieveskript immer um. Sehr lästig.
Das TB-Plugin bietet eine Syntaxprüfung mit an.

Wenn ein Email falsch einsortiert wird, teste ich die angepasste Regel immer mit "Umleiten" in TB, das durch ein eigenes Addon (ich glaub redirect heißt dieses) ermöglicht wird.

Beschäftige mich gerade mal wieder im Thunderbird.

"Virtuelle Ordner" in Verbindung mit "Schlagwörtern" sind für mein Szenario nutzlos. Die Suche eines Virtuellen Ordners ist explizit an bestimmte Ordner gebunden. Es wird nur in Ordnern gesucht, die auch per checkbox ausgewählt wurden. Neue Ordner, die erst nach dem Erzeugen des Virtuellen Ordners auftauchen, werden nicht automatisch berücksichtig. Es gibt also kein "such in allen Ordnern".